Муньос започна да тренира “Реал”
По искане на президента на клуба Сантяго Бернабеу Муньос започна да ръководи резервния екип Ultra Plus. Той не работеше дълго време: година по-късно той временно замени Луис с Карниел, който бе освободен от самия президент. През април 1960 г. Муньос отново завладява юздите след уволнението на Флеитас Солич.
Муньос започна да тренира “Реал” в труден период: изиграната “Барселона” се готвеше да спечели второто злато подред и се опита да премахне господството на “кралския клуб” в Европа. Екипите се срещнаха в полуфиналите: “Реал” спечели с резултат 6: 2 в сумата от два мача, преминавайки към финала, където на свой ред изпревари “Франкфурт” с резултат 7: 3. Повишавайки желаната чаша над главата си, Муньос стана първият треньор в историята, който спечели престижен трофей като играч и треньор.
След успешния сезон, „Реал” напълно се довери на Муньос, с когото накрая спечели поредни титли. Екипът никога не е демонстрирал такава стабилност.
В Испания изглеждаше, че това „реалност“ е по-добро от всякога, но в сферата на Европа деградацията става все по-очевидна. През 1961 г. “Барселона” успя да отмъсти на своите нарушители и, след като победи “Реал”, стигна до първия финал на Еврокъпа. Реал Мадрид се опита да си възвърне предишната форма, но първо бе победен от Бенфика с Еузебио, а след това не отиде в последната част на турнира, загубийки от Андерлехт.
Истинският тест дойде през 1964 г. Мадрид отново достигна финала за купата на Европа, където им се противопостави Интер. Муньос си мислеше само за едно нещо: как да спре взривния защитник Джацинто Фачети. Въпреки протестите в съблекалнята, той построи цялата игра по такъв начин, че да се противопостави на италианския. Но тактиката не проработи и Реал Мадрид загуби 3: 1.
Това беше началото на сериозните песни между играчите и треньора. Този, който се бореше за назначаването на Муньос Ди Стефано, започнал открито да критикува ментора веднага след финала. Според него, в средата на мача, треньорът го изпратил открито. „В този момент осъзнах, че той е мъж“, пише Муньос в книгата си „Страх и ненавист“ в Ла Лига.
